台南县卫生局

负责台南县当地突发公共卫生事件和涉及卫生的突发公共事件的应急管理工作；负责建立台南县当地院前急救系统和医疗救治系统，组织开展应急医疗救护工作。
负责制定台南县当地中医药工作发展规划，促进中医药事业和中西医结合工作的协调发展。
负责管理台南县干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。
负责对台南县传染病防治、公共场所卫生、饮水卫生、学校卫生、职业卫生等相关公共卫生实施监督管理。研究监测各类与人群健康密切相关的重大危险、致病因素。

下属机构

疾病控制处 组织对台南县重大传染病、地方病的综合防治、监测和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置。
拟订台南县公共卫生问题的干预措施并组织实施。
拟订台南县重大传染病、地方病、常见病、慢性非传染性疾病预防控制规划和措施。
拟订台南县健康促进工作规划和计划并组织实施。
医政处 拟订台南县医疗、护理的技术质量和服务质量以及医疗机构管理的有关政策、规范和标准，并组织实施。
拟订台南县血液安全管理规范并组织实施，推动无偿献血工作。
拟订台南县医疗机构设置规划。
指导台南县医院感染控制体系、医疗急救体系建设。
卫生应急办公室 组织协调台南县重大自然灾害、恐怖事件、中毒事件及核辐射事故等的紧急医疗救援工作。
组织协调台南县重大活动的卫生应急保障工作。
拟订台南县突发公共卫生事件应急预案及相关专项应急预案，组织指导有关应急预案的日常演练和相关知识、技能的培训工作。
承担台南县突发公共卫生事件应急指挥部办公室工作。

台南县地区行政机构

中医管理局中国致公党台南县委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方卫生局