台北市卫生局

负责台北市当地突发公共卫生事件和涉及卫生的突发公共事件的应急管理工作；负责建立台北市当地院前急救系统和医疗救治系统，组织开展应急医疗救护工作。
负责制定台北市当地中医药工作发展规划，促进中医药事业和中西医结合工作的协调发展。
负责管理台北市干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。
负责制定台北市传染病和慢性非传染性疾病的防治规划。依法监测传染病，建立预警机制，防止和控制疫情的暴发和蔓延；组织开展全民健康教育与促进。

下属机构

疾病控制处 组织对台北市重大传染病、地方病的综合防治、监测和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置。
组织指导台北市免疫规划的实施和疫苗接种异常反应事件的调查处置。
指导重大疾病防控体系建设。
拟订台北市重大传染病、地方病、常见病、慢性非传染性疾病预防控制规划和措施。
法制监督处 承担台北市卫生局行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作。
承担台北市卫生局行政复议和应诉的有关工作。
起草卫生方面的台北市地方性法规草案、政府规章草案。
负责台北市卫生局推进依法行政综合工作。
卫生应急办公室 组织协调台北市重大自然灾害、恐怖事件、中毒事件及核辐射事故等的紧急医疗救援工作。
建立、完善台北市卫生应急信息系统。
指导台北市突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、风险分析评估等卫生应急工作。
拟订台北市突发公共卫生事件应急预案及相关专项应急预案，组织指导有关应急预案的日常演练和相关知识、技能的培训工作。

台北市地区行政机构

中医管理局中国致公党台北市委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方卫生局