根据阿图什市当地国民经济和社会发展总体规划，编制阿图什市当地卫生事业的发展规划、区域卫生规划和年度工作计划，并负责组织实施。
负责对阿图什市传染病防治、公共场所卫生、饮水卫生、学校卫生、职业卫生等相关公共卫生实施监督管理。研究监测各类与人群健康密切相关的重大危险、致病因素。
依法管理阿图什市医疗机构内部临床药事工作。协助价格主管部门制订医疗卫生服务价格，负责监管各级各类医疗卫生机构的医疗服务价格执行情况。
负责制订阿图什市当地卫生科技发展规划，组织阿图什市当地重大卫生问题研究和重点科研项目攻关，并指导科技成果的转化和推广；负责阿图什市当地与人群健康有关的实验室及其实验活动的生物安全监督工作。
