负责制定阿里传染病和慢性非传染性疾病的防治规划。依法监测传染病，建立预警机制，防止和控制疫情的暴发和蔓延；组织开展全民健康教育与促进。
负责制订或审定（审核、批准）阿里各级各类医疗卫生机构的医疗、护理、医技及相关服务的质量标准、技术规范、职业道德规范，并实施监督和管理。
负责制订阿里当地卫生科技发展规划，组织阿里当地重大卫生问题研究和重点科研项目攻关，并指导科技成果的转化和推广；负责阿里当地与人群健康有关的实验室及其实验活动的生物安全监督工作。
负责阿里有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
