负责执行国家、国务院有关部门和国家出入境检验检疫局签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等。负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。
贯彻执行奇台县出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责奇台县所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理行政执法工作。
负责签发奇台县出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。
负责实施奇台县出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督。负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检管理工作。
