负责实施玛纳斯县出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督。负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检管理工作。
负责对玛纳斯县所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构(包括中外合资、合作机构)以及卫生除害处理机构的的监督管理。
负责实施玛纳斯县出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理。负责动植物疫情监测、调查等工作，办理国家出入境检验检疫局授权的动植物检疫审批，实施动植物疫情的紧急预防措施。
负责玛纳斯县出入境检验检疫科技、标准化和信息化工作，负责有关的国际合作与交流工作。
