承担完善云南农村经营管理体制工作。研究提出深化农村经济体制改革和稳定完善农村基本经营制度的政策建议，指导农村土地承包、耕地经营权流转、承包纠纷仲裁和农村集体资产管理，指导、监督减轻农民负担和村民筹资筹劳管理工作。
负责云南动物重大疫病和农作物重大病虫害监测预警与防控。会同有关部门制定动植物防疫检疫政策，指导动植物防疫和检疫体系建设，负责动植物防疫检疫的监督工作。
负责云南农业信息体系建设，会同有关部门监测分析农业和农村经济运行情况，开展相关农业统计工作，发布农业和农村经济信息，指导农业信息服务。
拟订云南农业产业化经营发展规划和政策并组织实施，推动农业社会化服务体系、农村经营管理体系、新型农业经营主体的培育、建设与发展。组织实施政策性农业保险工作。
