负责组织实施南京公立医院改革，建立公益性为导向的绩效考核和评价运行机制，建设和谐医患关系，监督落实医疗服务和药品价格政策。
贯彻执行党和国家关于卫生和计划生育及中医药工作的法律、法规和方针、政策；落实卫生和计划生育各项标准和技术规范；编制南京卫生和计划生育区域发展规划并组织实施；负责协调推进南京医药卫生体制改革和医疗保障，统筹规划南京卫生和计划生育服务资源配置。
贯彻落实国家药物政策和基本药物制度，执行国家基本药物目录，组织遴选南京基本药物采购目录，制定药品、耗材、医疗器械的采购、配送、结算、使用的监管和实施办法。落实国家基本药物目录和南京补充药物目录市内生产药品的鼓励扶持政策。
负责制定南京疾病预防控制规划、免疫规划、严重危害人民群众健康的公共卫生问题的干预措施并组织落实；根据国家检疫传染病和监测传染病目录，制定南京卫生应急和紧急医学救援预案、突发公共卫生事件监测和风险评估计划；组织和指导南京突发公共卫生事件预防控制和各类突发公共事件的医疗卫生救援，收集上报突发公共事件的相关信息，根据授权发布法定报告传染病疫情信息、突发公共卫生事件应急处置信息。
