贯彻落实国家药物政策和基本药物制度，执行国家基本药物目录，组织遴选昌吉州基本药物采购目录，制定药品、耗材、医疗器械的采购、配送、结算、使用的监管和实施办法。落实国家基本药物目录和昌吉州补充药物目录市内生产药品的鼓励扶持政策。
贯彻落实国家生育政策，组织实施昌吉州出生人口性别比综合治理工作，组织监测计划生育发展动态；提出计划生育安全预警预报建议；监督实施计划生育技术服务管理制度；组织落实优生优育和提高出生人口素质的政策措施，推动实施计划生育生殖健康促进计划，降低出生缺陷人口数量。
组织建立完善昌吉州计划生育利益导向、计划生育特殊困难家庭扶助和促进计划生育家庭发展等机制；负责协调推进有关部门、群众团体履行计划生育工作相关职责，建立与经济社会发展政策的衔接机制，落实稳定低生育水平政策措施。
制定昌吉州流动人口计划生育服务管理制度并组织落实，推动建立流动人口卫生和计划生育信息共享和公共服务工作机制。
