负责厦门人大、市政协、市中级人民法院、市人民检察院机关和各民主党派、人民团体机关的机构设置(含内设机构)、人员编制的审核和科级领导职数的审批，提出领导班子职数配备的建议。
研究拟定厦门事业单位管理体制和机构改革方案，负责事业单位机构编制管理工作；负责市直副处级以上事业单位机构设置(含内设机构)、职能配置、人员编制的审核和科级领导职数的审批；审核市直科级事业单位机构设置、职能配置、人员编制和领导职数；提出市直副处级以上事业单位领导班子职数配备的建议；审核区、县(市)副科级以上事业单位机构设置；制订厦门性事业单位机构编制标准；指导、协调各级各类事业单位管理体制改革和机构编制管理工作。
贯彻执行党和国家关于行政管理体制改革和机构改革及机构编制工作的方针、政策、法规，拟定厦门行政管理体制改革和机构改革及机构编制管理的实施办法，统一管理厦门各级党政机关和人大、政协、法院、检察院机关以及各民主党派、人民团体机关的机构编制工作，检查监督各级行政管理体制改革和机构改革方案以及机构编制执行情况。
研究拟定厦门机构编制宏观规划和年度计划，并监督实施；办理市直机关事业单位上下编事宜；协同有关部门做好市直机关事业单位人员调入、录用和政策性分配安置工作。
