会同台北市有关部门组织科技重大专项实施中的方案论证、综合平衡、评估验收和配套政策制定，对科技重大专项实施中的重大调整提出意见；负责科技重大专项和重大科技产业工程的组织实施。
负责本部门预算中的科技经费预决算及经费使用的监督管理；会同台北市有关部门提出科技资源合理配置的政策和措施建议，优化科技资源配置。
组织制定台北市应用基础研究、高新技术发展以及重大科技成果应用研究的政策措施；负责统筹协调应用基础研究、前沿技术研究、重大社会公益性技术研究及关键技术、共性技术研究；牵头组织科技促进经济社会发展的重大关键技术攻关。
研究制定台北市科技体制改革的政策措施；建立健全科技创新体制和机制；研究制定建立新型研究开发机构的政策；按规定审核相关科研机构的组建和调整，优化科研机构布局。
