上海疾病预防控制中心

承担上海辖区免疫规划工作任务；负责上海预防性生物制品的使用管理。
建设上海市级疾病控制网络信息平台，管理上海疫情及相关公共卫生信息网络。
承担上海健康教育与健康促进工作任务，制订上海辖区内不同人群的疾病预防控制健康教育、健康促进方案并组织实施，指导县（市）疾控机构开展健康教育与健康促进活动，并做好督导、检查和评估工作。
承担上海县（市）疾病预防控制机构业务指导和考核、人员培训工作。开展疾病预防控制应用性科学研究，推广先进技术。

下属机构

免疫规划科 实施上海免疫规划相关传染病的预防控制与相关管理措施的落实。
组织开展上海社会性、群众性健康教育工作，围绕卫生工作与疾病预防控制工作的中心任务，有计划开展经常性健康教育活动及城乡、学校、医院等健康教育与健康促进工作。
负责组织实施上海预防接种及其管理，预防接种异常反应应诊断与处理、业务指导，开展病原学、血清学、免疫学监测工作，开展免疫针对传染病的预防控制和疫情监测。
负责上海健康教育图文、声像等宣传资料的制作，开展有关健康教育的应用性调查研究。
地方病防制与消杀科 开展上海预防控制和监测工作，负责碘缺乏病的监测，开展碘缺乏病预防控制工作。
负责上海消毒药械、杀虫药械的功能功效检测检验工作。
开展对上海地方病和寄生虫病的诊疗服务。研究消杀工作常规、措施和技术标准。
开展上海鼠、蟑、蚊、蝇、蚤等病原媒生物的种群分布调查与控制。开展医疗机构的感染监测，开展对医院污水、医疗废弃物监测与评价。
传染病防制科 开展上海传染病疫情报告与管理、检查指导、调查与评价工作，进行传染病疫情的监测、预警和人群健康水平统计分析，并进行效果评价。
开展上海预防控制和疾病监测工作。负责老年卫生和精神卫生工作。
参与上海卫生突发事件、不明原因疾病的调查，对急性传染病爆发等重大疫情、重大灾害进行紧急处置和控制。
指导上海社区卫生服务机构开展慢性非传染性疾病的综合防治并进行效果评价。

上海地区行政机构

中医管理局中国致公党上海委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方疾病预防控制中心