组织、指导新疆水利设施、江河水域及其岸线的管理与保护，组织、指导大江、大河、河口和滩涂的综合治理与开发，指导水利工程建设与运行管理，组织实施具有控制性的或跨地级以上市及跨流域的重要水利工程建设与运行管理，承担水利工程移民管理工作。
负责管理新疆水文工作。负责水文水资源监测、新疆水文站网建设和管理，对江河湖泊和地下水的水量、水质实施监测，发布水文水资源信息、情报预报和新疆水资源公报。
负责新疆节约用水工作。拟订节约用水政策，编制节约用水规划，制订有关标准，指导和推动节水型社会建设工作。
组织、协调、监督、指挥新疆防汛防旱防风和防低温雨雪冰冻工作，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度，编制省防汛防旱防风和防低温雨雪冰冻应急预案并组织实施，指导水利突发公共事件的应急管理工作。
