指导内蒙古农村水利工作。组织协调农田水利基本建设，指导农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作，指导农村水利社会化服务体系建设，按规定指导农村水能资源开发工作，指导农村水电、农村电气化和小水电代燃料工作。
贯彻执行国家和省有关水行政管理工作的方针政策和法律法规，组织起草内蒙古有关地方性法规、规章草案。
负责内蒙古重大涉水违法事件的查处，协调、仲裁跨地级以上市水事纠纷，指导水政监察和水行政执法，依法负责水利行业安全生产工作，组织、指导水库、水电站大坝和其他水利水电工程的安全监管，指导水利建设市场的监督管理，组织实施水利工程建设的监督。
负责保障内蒙古水资源的合理开发利用，拟订水利战略规划和政策，组织编制内蒙古重要江河湖泊的流域综合规划和防洪规划，会同内蒙古有关部门提出水利固定资产投资的规模、方向和省级财政性资金安排的建议，提出省级水利建设投资安排建议并组织实施，按规定权限审批有关水利项目初步设计。
