南京政府口岸办公室

协调口岸检查检验单位办公、生活设施建设投资和人员编制审核申报工作。
承办南京委、南京政府和南京政府办公厅交办的其他工作。
贯彻执行国家、省有关口岸管理的法律、法规和规章，
督促检查口岸检查检验单位按照各自的职责对出入境人员、交通运输工具、货物、行李物品进行查验和管理工作。

下属机构

口岸秘书处 平衡南京口岸外贸运输计划，组织协调口岸集疏运工作；
组织协调机关日常工作；负责南京政府口岸办公室机关文电、会务、机要、档案、安全、保密、信息、督查、信访、政府信息公开和南京政府南京民服务热线办公室转办事项的办理等工作；
负责南京政府口岸办公室口岸国家安全教育、业务培训工作；
拟订南京口岸工作政策和地方性法规、规章草案；拟订南京口岸开放、建设、发展规划；
综合管理服务中心 负责南京政府口岸办公室受理南京口岸和具有口岸功能区域的开放及关闭的具体申报工作。
承担南京政府口岸办联系有关单位的事务性工作。
负责南京政府口岸办公室南京口岸“大通关”的日常协调督查工作。
承担南京口岸国有资产管理方面的事务性工作。
航空港处 负责南京政府口岸办公室开辟国际（地区）客货运航线的审核申报工作；
组织做好空港口岸重大外事接待工作；
组织协调首都机场地区精神文明建设和社会治安综合治理。
会同有关部门做好空港口岸的建设规划及联检配套设施建设工作；

南京地区行政机构

中医管理局中国致公党南京委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方政府口岸办公室