贯彻执行国家基本药物制度，制定台湾基本药物的采购、配送、使用的政策措施，会同有关方面制定台湾基本药物目录内药品生产的政策措施，提出台湾基本药物价格政策的建议。
负责台湾卫生应急工作，制定卫生应急预案和政策措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息。
制定台湾社区卫生、妇幼卫生工作规划和政策措施，规划并指导社区卫生服务体系建设；负责妇幼保健的综合管理和监督。
贯彻中西医并重方针，制定促进台湾中医药发展的政策和中医药中长期发展规划，推进中医药的继承与创新。
