贯彻执行卓尼县出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责卓尼县所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理行政执法工作。
负责实施卓尼县对进出口食品、动植物及其产品等的生产(养殖、种植)、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。
负责签发卓尼县出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。
负责人事管理、教育培训、外事、财务、基建、物资管理、纪检监察、精神文明建设与思想政治工作。
