负责实施南县出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督。负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检管理工作。
负责实施南县进出口商品(含食品)的法定检验和监督管理，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定。办理进出口商品复验工作。
负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责南县出口、转口商品的有关出境验证。
负责执行国家、国务院有关部门和国家出入境检验检疫局签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等。负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。
