南投县疾病预防控制中心

承担南投县重大突发公共卫生事件调查与处置工作任务。
承担上级交办的其他工作。
承担南投县辖区免疫规划工作任务；负责南投县预防性生物制品的使用管理。
承担南投县县（市）疾病预防控制机构业务指导和考核、人员培训工作。开展疾病预防控制应用性科学研究，推广先进技术。

下属机构

地方病防制与消杀科 开展对南投县地方病和寄生虫病的诊疗服务。研究消杀工作常规、措施和技术标准。
开展南投县预防控制和监测工作，负责碘缺乏病的监测，开展碘缺乏病预防控制工作。
实施南投县地方病、寄生虫病的预防控制规划。
开展南投县鼠、蟑、蚊、蝇、蚤等病原媒生物的种群分布调查与控制。开展医疗机构的感染监测，开展对医院污水、医疗废弃物监测与评价。
免疫规划科 负责组织实施南投县预防接种及其管理，预防接种异常反应应诊断与处理、业务指导，开展病原学、血清学、免疫学监测工作，开展免疫针对传染病的预防控制和疫情监测。
实施南投县免疫规划相关传染病的预防控制与相关管理措施的落实。
负责南投县计划免疫相关资料的收集、统计和分析、报告工作。
负责南投县健康教育图文、声像等宣传资料的制作，开展有关健康教育的应用性调查研究。
传染病防制科 参与南投县卫生突发事件、不明原因疾病的调查，对急性传染病爆发等重大疫情、重大灾害进行紧急处置和控制。
开展南投县传染病疫情报告与管理、检查指导、调查与评价工作，进行传染病疫情的监测、预警和人群健康水平统计分析，并进行效果评价。
实施南投县急性传染病的预防控制规划。
指导南投县社区卫生服务机构开展慢性非传染性疾病的综合防治并进行效果评价。

南投县地区行政机构

中医管理局中国致公党南投县委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方疾病预防控制中心