负责制定泉州疾病预防控制规划、免疫规划、严重危害人民群众健康的公共卫生问题的干预措施并组织落实；根据国家检疫传染病和监测传染病目录，制定泉州卫生应急和紧急医学救援预案、突发公共卫生事件监测和风险评估计划；组织和指导泉州突发公共卫生事件预防控制和各类突发公共事件的医疗卫生救援，收集上报突发公共事件的相关信息，根据授权发布法定报告传染病疫情信息、突发公共卫生事件应急处置信息。
负责制定泉州医疗机构和医疗服务全行业管理办法并监督实施；负责监督实施医疗机构及其医疗服务、医疗技术、医疗质量、医疗安全以及采供血机构管理的规范、标准；会同有关部门贯彻执行国家卫生专业技术人员准入、资格标准；贯彻实施卫生专业技术人员执业规则和服务规范，建立医疗服务评价和监督管理体系。
贯彻落实国家生育政策，组织实施泉州出生人口性别比综合治理工作，组织监测计划生育发展动态；提出计划生育安全预警预报建议；监督实施计划生育技术服务管理制度；组织落实优生优育和提高出生人口素质的政策措施，推动实施计划生育生殖健康促进计划，降低出生缺陷人口数量。
依法开展职责范围内的职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生的监测、调查、评估和监督工作；负责泉州传染病防治监督；贯彻执行国家和市级食品安全标准，组织实施食品安全风险监测、评估，负责食源性疾病以及与食品安全有关的流行病学调查。
