依法开展职责范围内的职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生的监测、调查、评估和监督工作；负责墨玉县传染病防治监督；贯彻执行国家和市级食品安全标准，组织实施食品安全风险监测、评估，负责食源性疾病以及与食品安全有关的流行病学调查。
贯彻落实国家药物政策和基本药物制度，执行国家基本药物目录，组织遴选墨玉县基本药物采购目录，制定药品、耗材、医疗器械的采购、配送、结算、使用的监管和实施办法。落实国家基本药物目录和墨玉县补充药物目录市内生产药品的鼓励扶持政策。
负责制定墨玉县疾病预防控制规划、免疫规划、严重危害人民群众健康的公共卫生问题的干预措施并组织落实；根据国家检疫传染病和监测传染病目录，制定墨玉县卫生应急和紧急医学救援预案、突发公共卫生事件监测和风险评估计划；组织和指导墨玉县突发公共卫生事件预防控制和各类突发公共事件的医疗卫生救援，收集上报突发公共事件的相关信息，根据授权发布法定报告传染病疫情信息、突发公共卫生事件应急处置信息。
负责组织实施墨玉县公立医院改革，建立公益性为导向的绩效考核和评价运行机制，建设和谐医患关系，监督落实医疗服务和药品价格政策。
