负责制定阿瓦提县医疗机构和医疗服务全行业管理办法并监督实施；负责监督实施医疗机构及其医疗服务、医疗技术、医疗质量、医疗安全以及采供血机构管理的规范、标准；会同有关部门贯彻执行国家卫生专业技术人员准入、资格标准；贯彻实施卫生专业技术人员执业规则和服务规范，建立医疗服务评价和监督管理体系。
负责组织实施阿瓦提县公立医院改革，建立公益性为导向的绩效考核和评价运行机制，建设和谐医患关系，监督落实医疗服务和药品价格政策。
贯彻执行党和国家关于卫生和计划生育及中医药工作的法律、法规和方针、政策；落实卫生和计划生育各项标准和技术规范；编制阿瓦提县卫生和计划生育区域发展规划并组织实施；负责协调推进阿瓦提县医药卫生体制改革和医疗保障，统筹规划阿瓦提县卫生和计划生育服务资源配置。
贯彻落实国家药物政策和基本药物制度，执行国家基本药物目录，组织遴选阿瓦提县基本药物采购目录，制定药品、耗材、医疗器械的采购、配送、结算、使用的监管和实施办法。落实国家基本药物目录和阿瓦提县补充药物目录市内生产药品的鼓励扶持政策。
