负责组织拟订并实施巴彦淖尔基层卫生和计划生育、妇幼卫生发展规划和工作措施，负责巴彦淖尔基层卫生和计划生育、妇幼卫生服务体系建设，推进基本公共卫生和计划生育服务均等化，完善基层运行新机制和乡村医生管理制度。
组织建立完善巴彦淖尔计划生育利益导向、计划生育特殊困难家庭扶助和促进计划生育家庭发展等机制；负责协调推进有关部门、群众团体履行计划生育工作相关职责，建立与经济社会发展政策的衔接机制，落实稳定低生育水平政策措施。
负责制定巴彦淖尔医疗机构和医疗服务全行业管理办法并监督实施；负责监督实施医疗机构及其医疗服务、医疗技术、医疗质量、医疗安全以及采供血机构管理的规范、标准；会同有关部门贯彻执行国家卫生专业技术人员准入、资格标准；贯彻实施卫生专业技术人员执业规则和服务规范，建立医疗服务评价和监督管理体系。
制定巴彦淖尔流动人口计划生育服务管理制度并组织落实，推动建立流动人口卫生和计划生育信息共享和公共服务工作机制。
