协调兖州区委、兖州区政府各部门的职能配置及其调整；协调兖州区委各部门之间、兖州区政府各部门之间、兖州区委各部门与兖州区政府各部门之间以及各部门与区县(市)之间的职责分工。
研究拟定兖州区事业单位管理体制和机构改革方案，负责事业单位机构编制管理工作；负责市直副处级以上事业单位机构设置(含内设机构)、职能配置、人员编制的审核和科级领导职数的审批；审核市直科级事业单位机构设置、职能配置、人员编制和领导职数；提出市直副处级以上事业单位领导班子职数配备的建议；审核区、县(市)副科级以上事业单位机构设置；制订兖州区性事业单位机构编制标准；指导、协调各级各类事业单位管理体制改革和机构编制管理工作。
负责兖州区机构改革和机构编制管理有关信息的采集和情况综合，负责机构编制统计和培训工作。
贯彻执行党和国家关于行政管理体制改革和机构改革及机构编制工作的方针、政策、法规，拟定兖州区行政管理体制改革和机构改革及机构编制管理的实施办法，统一管理兖州区各级党政机关和人大、政协、法院、检察院机关以及各民主党派、人民团体机关的机构编制工作，检查监督各级行政管理体制改革和机构改革方案以及机构编制执行情况。
