会同云南有关部门组织科技重大专项实施中的方案论证、综合平衡、评估验收和制定相关配套政策，对科技重大专项实施中的重大调整提出意见。
拟订云南科技合作与交流的政策措施，组织实施政府间及有关国际组织间的科技合作项目，承办涉港澳台地区的科技合作与交流事宜。
承担推进云南创新体系建设的责任。会同有关部门编制云南创新体系建设规划，拟订促进云南知识创新、技术创新的政策措施，制定科研条件保障规划和提出相关政策，推进科技基础条件平台、实验室体系和重点科研基地、产业创新平台、重大创新基地建设和科技资源共享，拟订科技促进企业自主创新的政策措施，会同有关部门认定创新型企业和自主创新产品，推动企业自主创新能力建设。
承办云南人民政府和科学技术部交办的其他事项。
