组织制定新竹县应用基础研究、高新技术发展以及重大科技成果应用研究的政策措施；负责统筹协调应用基础研究、前沿技术研究、重大社会公益性技术研究及关键技术、共性技术研究；牵头组织科技促进经济社会发展的重大关键技术攻关。
负责本部门预算中的科技经费预决算及经费使用的监督管理；会同新竹县有关部门提出科技资源合理配置的政策和措施建议，优化科技资源配置。
会同新竹县有关部门组织科技重大专项实施中的方案论证、综合平衡、评估验收和配套政策制定，对科技重大专项实施中的重大调整提出意见；负责科技重大专项和重大科技产业工程的组织实施。
制定新竹县科普工作规划和政策；制定促进技术市场、科技中介组织发展的政策措施；负责技术市场、科技保密管理工作和科技奖励组织实施工作；负责科技信息、科技统计和科技期刊管理工作。
