负责水磨沟区环境监测和信息发布，组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警，组织建设和管理环境监测网和信息网，建立和实行环境质量公告制度，统一发布水磨沟区环境综合性报告和重大环境信息。
负责水磨沟区核安全和辐射安全的监督管理。参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作；监督管理放射源安全、核技术应用和电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、安装和无损检验活动实施监督管理。
指导、协调、监督水磨沟区生态保护工作。拟定生态保护规划，组织评估生态环境质量状况；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调和监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园、地质公园的环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、矿山复垦、石漠化防治工作；协调指导农村生态环境保护；监督生物技术环境安全，牵头生物物种（含遗传资源）保护工作，组织协调生物多样性保护工作。
负责水磨沟区环境污染防治的监督管理。组织实施国家制定的大气、水体、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理办法；会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作；组织指导城镇和农村的环境综合整治工作。
