依据我国新时期的战略任务、工作重点，制定卓尼县爱国卫生工作的方针、政策和发展规划，协调、推动政府有关部门和团体制定和执行本系统爱国卫生工作计划。
开展卓尼县群众性卫生监督，不断改善城乡生产、生活环境的卫生质量。组织检查和进行卫生效果评价，提高人民健康水平。
动员组织群众，除四害、讲卫生，推动卓尼县卫生城市（镇）建设，在农村继续以改水改厕为重点，带动环境卫生的整治，改善城乡环境卫生，协调防治社会性重大疾病活动及除害防病工作。
指导、督促检查卓尼县重点行业和各省、自治区、直辖市人民政府爱国卫生工作开展情况。
