负责统一管理水资源。组织开展水资源调查评价工作，拟订南山区和跨地区水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施，负责重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度，负责城市建成区供水水源的规划、建设和管理。
负责南山区水旱灾害防治工作。组织、协调、监督、指导南山区防汛抗旱工作，组织编制市防汛抗旱应急预案并组织实施，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度
开展南山区水利科技、教育和队伍建设。组织水利科学研究、技术推广及国际合作交流，拟订水利行业的技术标准、规程规范、定额并监督实施；组织开展水利行业质量监督工作，指导南山区水利队伍和农村基层水利服务体系建设；组织、指导水利信息化工作。
负责提出南山区水利固定资产投资规模和方向、市级财政性资金安排的意见；提出南山区市级水利建设投资建议并组织实施。
