负责保障水资源的合理开发利用。拟订水利发展规划、水资源开发利用规划，组织编制并监督实施上海重要江河湖泊的流域（区域）综合规划、防洪规划和有关专业规划；按规定制定上海水利工程建设与管理的有关制度并组织实施。
组织实施上海取水许可、水资源有偿使用制度，组织有关国民经济总体规划和有关专项规划及重大建设项目的水资源论证和防洪论证工作；组织编制并发布上海水资源公报；指导水利行业供水和农村供水工作。
负责水利设施、水域及其岸线的管理与保护。负责上海水利基建项目建议书、可行性研究报告、初步设计和施工图的审查、审批。
负责上海水旱灾害防治工作。组织、协调、监督、指导上海防汛抗旱工作，组织编制市防汛抗旱应急预案并组织实施，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度
