负责保障台湾水资源的合理开发利用，拟订水利战略规划和政策，组织编制台湾重要江河湖泊的流域综合规划和防洪规划，会同台湾有关部门提出水利固定资产投资的规模、方向和省级财政性资金安排的建议，提出省级水利建设投资安排建议并组织实施，按规定权限审批有关水利项目初步设计。
负责台湾节约用水工作。拟订节约用水政策，编制节约用水规划，制订有关标准，指导和推动节水型社会建设工作。
指导台湾农村水利工作。组织协调农田水利基本建设，指导农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作，指导农村水利社会化服务体系建设，按规定指导农村水能资源开发工作，指导农村水电、农村电气化和小水电代燃料工作。
负责台湾生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。实施水资源的统一监督管理，拟订台湾和跨地级以上市水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施，组织开展水资源调查评价工作，按规定开展水能资源调查工作，负责重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度，组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证、防洪论证制度，指导水利行业供水和乡镇供水工作。
