晋江市水产局

负责晋江市水产局行政事务、车辆管理使用。
草拟晋江市水产局年度工作安排意见，提报局党委和局长办公会审查并协调组织实施。
负责晋江市水产局档案资料的收集、整理、立卷。
进行调查研究，综合分析工作情况，提出指导工作的意见和建议。

下属机构

产业发展处 负责晋江市水产健康养殖生产管理，组织推荐、协助验收部级水产健康养殖示范场以及实施省级水产健康养殖示范场的组织申报、验收和考核工作。
研究提出晋江市水产行业产业发展规划。指导晋江市渔业生产、加工、流通和结构调整。
负责晋江市水产品病害监测、防治及水生动物疫病应急处置工作。负责晋江市水产血防工作。
负责晋江市水生动植物检疫工作。负责晋江市水产品市场体系建设规划。
渔政处 组织、指导和监督晋江市自然保护区和水产种质资源保护区建设与管理工作。
协调制定晋江市渔业资源增殖保护费征收标准并组织监督检查，负责水生野生动物资源保护费的征收。
负责贯彻国家和晋江市有关渔业法律、法规，负责制定、修订地方性渔业法律法规，并组织实施。
编制晋江市渔政机构基本建设规划，指导晋江市渔业行政执法队伍体系建设和执法人员培训。
船检港监管理处 负责组织开展晋江市渔业互助保险、渔业机动渔船燃油补贴管理、渔港规划建设和经营管理，渔业捕捞许可工作。
负责宣传和贯彻执行国家有关渔港监督、渔船检验管理、水上交通安全管理和渔港水域环境保护方面的方针、政策和法规。
负责晋江市渔船及其船用产品节能减排工作指导和监管工作。
负责制定晋江市地方性规章制度和管理办法，依法进行渔业船舶登记、渔业水域防污管理和渔港内的安全及港务管理工作，组织检查渔船安全状况并处理渔业水域交通事故。

晋江市地区行政机构

中医管理局中国致公党晋江市委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方水产局