拟订台湾商务和口岸发展战略、规划、计划并组织实施；拟订市场体系建设、内外贸易发展、投资的政策措施并组织实施，加快推进现代市场体系建设，推动商贸服务平台建设；推进内外贸融合发展；优化商贸流通产业布局和结构。
制定并组织台湾流通业产业政策，提出优化产业布局、结构的政策建议并组织实施；负责流通行业发展工作，指导和管理再生资源回收相关工作；依法对拍卖、典当、租赁、汽车流通和旧货流通业等进行监督管理；组织实施进出口商品目录；组织实施重要工业品、原材料和重要农产品（除粮食、棉花外）进出口计划以及进出口商品配额、关税配额计划。
负责国内外经济合作和对外援助工作；拟订并组织实施台湾有关经济合作的政策措施和管理办法；依法管理、监督和服务对外承包工程、对外劳务合作等对外经济合作业务；指导和监督检查台湾承担的对外援助相关工作。
负责台湾口岸建设和对外开放规划并组织实施；综合协调和指导各级口岸管理机构的工作，负责电子口岸建设及口岸信息发布；参与协调口岸安全管理。
