负责制定互助土族自治县传染病和慢性非传染性疾病的防治规划。依法监测传染病，建立预警机制，防止和控制疫情的暴发和蔓延；组织开展全民健康教育与促进。
依法管理互助土族自治县医疗机构内部临床药事工作。协助价格主管部门制订医疗卫生服务价格，负责监管各级各类医疗卫生机构的医疗服务价格执行情况。
负责收集、发布互助土族自治县当地公共卫生、医疗服务等有关卫生信息和政务公开信息；组织开展医学卫生领域的国际交流与合作。
负责互助土族自治县当地突发公共卫生事件和涉及卫生的突发公共事件的应急管理工作；负责建立互助土族自治县当地院前急救系统和医疗救治系统，组织开展应急医疗救护工作。
