基隆市卫生局

负责制订或审定（审核、批准）基隆市各级各类医疗卫生机构的医疗、护理、医技及相关服务的质量标准、技术规范、职业道德规范，并实施监督和管理。
负责基隆市有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
负责对基隆市当地各级各类医疗卫生机构设置、医疗服务项目开设、医疗新技术运用、大型医用设备配置、医疗卫生从业人员以及母婴保健专项技术等实施许可准入和监督执法。依法动员、组织公民无偿献血，监督管理采供血机构及临床用血安全。
负责管理基隆市干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。

下属机构

疾病控制处 拟订基隆市健康促进工作规划和计划并组织实施。
拟订基隆市公共卫生问题的干预措施并组织实施。
组织对基隆市重大传染病、地方病的综合防治、监测和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置。
组织指导基隆市免疫规划的实施和疫苗接种异常反应事件的调查处置。
法制监督处 组织开展整顿和规范基隆市医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
组织开展基隆市消费环节食品安全监督管理和卫生执法监督工作。
承担基隆市卫生局行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作。
承担基隆市卫生局行政复议和应诉的有关工作。
卫生应急办公室 承担基隆市突发公共卫生事件应急指挥部办公室工作。
组织协调基隆市重大活动的卫生应急保障工作。
组织协调基隆市重大自然灾害、恐怖事件、中毒事件及核辐射事故等的紧急医疗救援工作。
建立、完善基隆市卫生应急信息系统。

基隆市地区行政机构

中医管理局中国致公党基隆市委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方卫生局