贯彻执行党和国家有关卫生工作的方针、政策和法律、法规、规章；结合金门县当地实际，研究起草卫生工作的地方性法规、规章草案和政策；研究制订金门县当地卫生事业发展改革的有关方案、工作规划、政策和指导性意见，并组织实施。
负责制订金门县当地卫生科技发展规划，组织金门县当地重大卫生问题研究和重点科研项目攻关，并指导科技成果的转化和推广；负责金门县当地与人群健康有关的实验室及其实验活动的生物安全监督工作。
研究制定金门县社区卫生、农村卫生、妇幼卫生、初级卫生保健工作规划和政策，并组织实施。
负责制定金门县当地中医药工作发展规划，促进中医药事业和中西医结合工作的协调发展。
