负责对阿瓦提县传染病防治、公共场所卫生、饮水卫生、学校卫生、职业卫生等相关公共卫生实施监督管理。研究监测各类与人群健康密切相关的重大危险、致病因素。
负责制订阿瓦提县当地卫生科技发展规划，组织阿瓦提县当地重大卫生问题研究和重点科研项目攻关，并指导科技成果的转化和推广；负责阿瓦提县当地与人群健康有关的实验室及其实验活动的生物安全监督工作。
负责对阿瓦提县当地各级各类医疗卫生机构设置、医疗服务项目开设、医疗新技术运用、大型医用设备配置、医疗卫生从业人员以及母婴保健专项技术等实施许可准入和监督执法。依法动员、组织公民无偿献血，监督管理采供血机构及临床用血安全。
负责制定阿瓦提县当地卫生人才发展规划；指导、组织开展卫生专业技术职务聘任和任职资格认证的有关工作；负责制定卫生从业人员继续教育和有关专业培养计划和方案，并组织实施。
