博尔塔拉州卫生局

负责制定博尔塔拉州传染病和慢性非传染性疾病的防治规划。依法监测传染病，建立预警机制，防止和控制疫情的暴发和蔓延；组织开展全民健康教育与促进。
负责收集、发布博尔塔拉州当地公共卫生、医疗服务等有关卫生信息和政务公开信息；组织开展医学卫生领域的国际交流与合作。
负责博尔塔拉州当地突发公共卫生事件和涉及卫生的突发公共事件的应急管理工作；负责建立博尔塔拉州当地院前急救系统和医疗救治系统，组织开展应急医疗救护工作。
负责管理博尔塔拉州干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。

下属机构

法制监督处 承担博尔塔拉州卫生局行政复议和应诉的有关工作。
承担博尔塔拉州卫生局行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作。
组织开展博尔塔拉州消费环节食品安全监督管理和卫生执法监督工作。
组织开展整顿和规范博尔塔拉州医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
疾病控制处 组织指导博尔塔拉州免疫规划的实施和疫苗接种异常反应事件的调查处置。
组织对博尔塔拉州重大传染病、地方病的综合防治、监测和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置。
拟订博尔塔拉州公共卫生问题的干预措施并组织实施。
拟订博尔塔拉州健康促进工作规划和计划并组织实施。
医政处 负责博尔塔拉州执行医疗技术应用准入制度和从业人员资格认定及注册工作。
拟订博尔塔拉州医疗、护理的技术质量和服务质量以及医疗机构管理的有关政策、规范和标准，并组织实施。
拟订博尔塔拉州血液安全管理规范并组织实施，推动无偿献血工作。
指导博尔塔拉州医院感染控制体系、医疗急救体系建设。

博尔塔拉州地区行政机构

中医管理局中国致公党博尔塔拉州委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方卫生局