负责实施清城区出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督。负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检管理工作。
负责实施清城区对进出口食品、动植物及其产品等的生产(养殖、种植)、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。
负责执行国家、国务院有关部门和国家出入境检验检疫局签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等。负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。
负责对清城区所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构(包括中外合资、合作机构)以及卫生除害处理机构的的监督管理。
