负责实施惠农区对进出口食品、动植物及其产品等的生产(养殖、种植)、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。
负责惠农区所辖区域的出入境检验检疫业务统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况。提供有关信息。
贯彻执行惠农区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责惠农区所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理行政执法工作。
负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责惠农区出口、转口商品的有关出境验证。
