负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责牡丹江出口、转口商品的有关出境验证。
负责牡丹江出入境检验检疫科技、标准化和信息化工作，负责有关的国际合作与交流工作。
负责实施牡丹江对进出口食品、动植物及其产品等的生产(养殖、种植)、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。
负责对牡丹江所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构(包括中外合资、合作机构)以及卫生除害处理机构的的监督管理。
