指导粮食、果蔬等主要农产品生产，组织落实新疆促进粮食、果蔬等主要农产品生产发展的相关政策措施，引导农业产业结构调整和产品品质的改善。会同新疆有关部门指导农业标准化、规模化生产。
承担新疆农业防灾减灾的责任。监测、发布农业灾情，组织种子、化肥等救灾物资储备和调拨，提出生产救灾资金安排建议，指导紧急救灾和灾后生产恢复。
划定新疆农产品禁止生产区域，指导生态农业、循环农业等的发展。负责保护渔业水域生态环境。
拟订促进新疆农产品加工业发展政策、规划并组织实施，促进农业产前、产中、产后一体化发展。提出促进大宗农产品流通和农业产业保护的政策建议。指导农产品加工业结构调整、技术创新和服务体系建设。培育、保护和发展农产品品牌。
