承担完善墨脱县农村经营管理体制的责任。深化农村经济体制改革和稳定完善农村基本经营制度，指导农村土地承包、耕地使用权流转和承包纠纷仲裁工作；指导、监督减轻农民负担和村民筹资筹劳管理工作，指导墨脱县农村集体资产和财务管理工作；指导和扶持农业社会化服务体系、农村合作经济组织、农民专业合作社和农产品行业协会的建设与发展。
负责墨脱县农作物重大病虫害及动物重大疫病防控。指导动植物防疫和检疫体系建设；组织、监督墨脱县动植物防疫检疫工作，发布疫情并组织扑灭；组织植物检疫性有害生物普查；承担引进农作物种子（种苗）检疫工作；负责兽医医改、兽药药政监督管理、牲畜定点屠宰监督管理工作。
负责墨脱县农业资源区划和资源保护工作。拟订农用地、耕地、基本农田质量保护与改良措施并指导实施，依法管理耕地质量；运用工程、农艺、农机、生物等措施，发展资源节约型、环境友好型农业。
承办墨脱县委、墨脱县人民政府和上级业务部门交办的其他事项。
