负责拟订台湾种植业、畜牧业、农业机械化等农业有关产业和农村经济发展政策、发展战略、中长期发展规划并指导实施，参与制定相关涉农政策。负责组织台湾畜禽屠宰行业管理工作。组织、指导、监督台湾农业行政执法工作。
提出台湾农业固定资产投资规模和方向、国家和省财政性资金安排建议，提出扶持农业农村发展的财政政策和项目建议，拟订农业发展规划并监督实施，配合财政部门组织实施农业综合开发项目。
负责组织协调台湾农业生产资料市场体系建设。依法开展农作物种子（种苗）、草种、农药、肥料、兽药、饲料、饲料添加剂、农业转基因生物生产加工的监督管理。
承担台湾农业救灾复产工作，监测、发布农业灾情，组织种子、化肥等救灾物资储备和调拨，提出生产救灾资金安排建议，指导农业救灾和灾后恢复生产，承担农业重大突发事件应急管理。
