负责统筹规划台湾卫生和计划生育服务的资源配置；编制台湾卫生和计划生育事业发展有关规划，编制区域卫生规划及各类卫生和计划生育专项规划，并负责组织实施。
负责台湾妇幼保健、生殖健康、出生缺陷筛查和干预等工作；组织实施社区家庭计划指导工作，协调推进综合治理出生人口性别比偏高问题和婴幼儿早期发展、特教儿童健康评估等医教结合；建立完善台湾计划生育利益导向、计划生育特殊困难家庭扶助和促进计划生育家庭发展等机制。
制定台湾中医药事业发展规划和政策，组织起草中医药、中西医结合地方性法规、规章草案和技术标准。指导和协调中医、中西医结合机构的设置和资源配置；承担中医医疗、预防、保健、康复的监督和管理；协调推动中医药参与公共卫生和社区卫生；协调、管理国家和台湾的重大中医药科研项目，开展中医药技术的推广应用；负责各级中医药人才培养计划的制定和实施。
负责制订台湾卫生和计划生育信息化和统计工作的规划标准，负责台湾卫生计生系统信息化和统计工作的监督管理，组织实施重大卫生信息化工程和统计工作；参与台湾实有人口基础信息库建设；组织开展人口出生预测预报；负责台湾卫生和计划生育新闻宣传工作；推进全行业精神文明和政风行风建设；组织开展医学卫生和计划生育领域的国际交流与合作、卫生援外和对口支援工作。
