承担云南道路、水路运输市场监管责任。组织制定道路、水路运输有关政策、准入制度、技术标准和运营规范并监督实施，指导城乡客运及有关设施规划和管理工作，指导出租汽车行业管理工作，负责路政、运政和港口管理，负责水路运输、水路运输服务、外轮理货、船舶代理、引航、航道、港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理工作。
负责云南政府拨款的公路建设资金的监督和管理，协调或参与交通建设资金的筹集，负责厅管交通资金的拨付和监管，会同有关部门拟订公路、水路有关规费政策并监督实施，负责收费公路管理及公路联网收费的组织协调和监管工作。
承担云南公路、水路、地方铁路建设市场监管责任。组织协调公路、水路、地方铁路有关重点工程建设和工程质量、安全生产及造价的监督管理工作，指导交通运输基础设施管理和维护，承担有关重要设施的管理和维护。
指导云南公路、水路行业安全生产和应急管理工作，组织实施重点物资和紧急客货运输，负责云南高速公路及重点干线路网运行监测和协调，参与公路、水路有关交通战备工作。
