九三学社甘南县省委机关是社省委的中心枢纽，是承办社务工作和相应工作的工作部门，直接由社省委主委会议领导。机关工作人员按照公务员管理。机关各部门在专职副主委的直接领导和秘书长的协助领导下开展工作。
组织九三学社甘南县省委的各种会议活动，对社省委的文件、档案、财产、财务进行管理。
组织社甘南县省委参政议政的选题、调研及其报告撰写和相关联系工作。收集政府职能部门对调研课题落实的追踪调查等有关情况；征集、遴选、起草、加工社省委向省政协大会提交的提案和发言材料及社中央、全国政协参政议政所需材料。
根据中共甘南县委、甘南县政府的统一安排，组织智力支边和科教扶贫工作。
