负责上海食品的行政许可和监督管理，参与制定食品安全管理规范并监督实施。建立食品安全隐患排查治理机制，贯彻落实国家、省、市食品安全检查年度计划、重大整顿治理方案。组织开展食品安全重大专项治理和综合检查。参与食品安全风险监测计划、食品安全标准的制定等相关工作。
负责制定上海食品、药品、医疗器械、化妆品监督管理的稽查制度并组织实施，组织、协调、督查跨区域食品药品监管工作，组织查处重大违法行为，组织开展相关产品抽样检验工作。建立和落实食品药品安全咨询、投诉、举报制度并组织实施，监督实施问题产品召回和处置。规范行政执法行为，完善行政执法与刑事司法衔接机制。
组织开展上海食品药品安全宣传、教育培训、对外交流与合作，发布相关日常监督检查信息。承担药品、医疗器械、保健食品广告内容的审查工作。
承办上海委、上海政府、上级主管部门和市食品安全委员会交办的其他事项。
