监督国家药典等药品和医疗器械标准、化妆品相关标准的执行，负责对药品、医疗器械、化妆品的行政监督和技术监督，监督实施相关质量管理规范。建立药品不良反应、医疗器械不良事件监测体系，并开展监测和处置工作。配合昌吉市有关部门实施国家基本药物制度，组织实施处方药和非处方药分类管理制度，核发第一类医疗器械产品注册证。
负责推进食品药品诚信体系建设。制定昌吉市食品药品安全科技发展规划并组织实施，推动食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系和信息化建设。指导食品、药品、医疗器械、化妆品检验检测和审评认证机构的业务工作。
承办昌吉市委、昌吉市政府、上级主管部门和市食品安全委员会交办的其他事项。
监督管理昌吉市放射性药品、麻醉药品、医疗用毒性药品、精神药品、药品类易制毒化学品等特殊药品(以下简称特殊药品)和中药材专业市场的中药材质量，监督直接接触药品的包装材料和容器的使用，承担昌吉市口岸药品进口备案工作。
