负责推进食品药品诚信体系建设。制定昌吉州食品药品安全科技发展规划并组织实施，推动食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系和信息化建设。指导食品、药品、医疗器械、化妆品检验检测和审评认证机构的业务工作。
组织开展昌吉州食品药品安全宣传、教育培训、对外交流与合作，发布相关日常监督检查信息。承担药品、医疗器械、保健食品广告内容的审查工作。
负责昌吉州食品药品安全事故应急体系建设，组织和指导食品药品安全事故应急处置和调查处理工作，监督事故查处落实情况。
指导、监督各区(县级市)食品药品监督管理工作。
